Klaipėdos Vydūno gimnazija – savitos ugdymo kultūros, moderni, atvira kaitai, besimokanti organizacija, padedanti asmeniui įgyti bendrąsias ir menines kompetencijas, atitinkančias pradinį, pagrindinį ir vidurinį išsilavinimą, perimti humanistinės kultūros tradicijas ir vertybes, formuotis kaip kūrybiška ir atsakinga, gebanti bendrauti ir bendradarbiauti, efektyviai veikti šiuolaikinėje visuomenėje asmenybė.